フジバカマ（塩吹池）
絶滅危惧Ⅱ類
花期：8～9月
秋の七草の1つ。長野県では初報告。
乾燥させると桜餅のような香りがする。
園芸種として販売されているものもあるが、野生種のほうが葉の幅が広く、色が薄い。
タカサゴソウ（塩吹池）
絶滅危惧Ⅱ類
花期：4～7月
細い茎をのばし、白色のタンポポのような花を咲かせる。花弁が薄ピンク色のものもある。
キキョウ（浅間池）
絶滅危惧Ⅱ類
花期：6～9月
秋の七草の1つ。青色のよく目立つ花を咲かせる。白色やピンク色のもの、八重咲などの園芸種はよく販売されているが、自生のものは少ない。
イヌハギ（浅間池・男池・北ノ入池・小島大池）
絶滅危惧Ⅱ類
花期：8～9月
萩の仲間で白色の花を咲かせる。全体に褐色の毛が生えている様子から「犬萩」と名付けられた。
ノジトラノオ（浅間池・男池・小島大池・塩吹池）
絶滅危惧Ⅱ類
花期：6～7月
白色の花を密につける。花が垂れ下がっている姿から「虎の尾」と名付けられた。
同属の花と交雑種を作りやすい。
ナガミノツルキケマン（沢山池）
準絶滅危惧種
花期：8～10月
山や湿地に分布し、黄色の花を咲かせる。
名前は「長い実」をつける「ツル状」の
「キケマン」という意味。
スズサイコ
（泉池・男池・甲田池・小島大池・塩吹池・山田池）
準絶滅危惧種
花期：6～7月
全体的に細長く、花も目立つ色ではないため、
見つけにくい。朝は花を開いている（写真下半分）が、日が昇ると花を閉じて（写真上半分）鈴のようになる。
スズサイコの果実
果実：7～9月
披針形の大きな果実をつける。熟すと縦に割れ、中から白い綿毛のついた種がこぼれ、風にのって遠くに運ばれる。
長野県指定の絶滅危惧種
ウマノスズクサ
（泉池・北ノ入池・甲田池・小島大池・舌喰池・山田池）
絶滅危惧Ⅱ類
花期：7～9月
つる性の植物で変わった形の花を咲かせる。この花の様子が馬の首につける鈴に見えることから「馬の鈴草」と名付けられた。
コカモメヅル（舌喰池）
準絶滅危惧種
花期：7～9月
つる性の植物で小さな茶色の花を咲かせるため、目立たない。
コカモメヅルの果実
果実：9～10月
披針形の果実を2つ水平に並んでつける。これをカモメの飛んでいる姿に例えたといわれている。
ユウスゲ（浅間池・小島大池・舌喰池・山田池）
準絶滅危惧種
花期：7～9月
ラッパ状の大きな黄色の花を咲かせる。
夕方から朝にかけて咲き、昼頃にはしぼむ。
その他の希少種
ヒメシオン（塩吹池）
花期：8～9月
草原性の在来希少種。外来種のヒメジョオンと名前も花姿も似ているが、ヒメシオンの方が花が小さく、より多くの花を咲かせる。
マキエハギ（浅間池・小島大池・沢山池・塩吹池）
花期：7～9月
萩の仲間で、白い花びらに赤色の模様が入った小さな花を咲かせる。この花姿から「蒔絵萩」と名付けられた。
カセンソウ（泉池・小島大池・塩吹池・山田池）
花期：7～9月
ひまわりを小さくしたような黄色の花を咲かせる。葉は羊皮紙のように固い。
未成熟な葉は揉むとよい香りがする。
オオバクサフジ（浅間池・北ノ入池）
花期：8～10月
マメ科の花。同属の他の花と比べて葉が大きい。
ホタルカズラ（甲田池・北ノ入池・小島大池）
花期：4～5月
地面近くに目立つ青色の花を咲かせる。
草むらの中に点々と咲く様子をホタルに例えた。
フシグロセンノウ（沢山池）
花期：7～10月
目立つオレンジ色の花を咲かせる。
園芸品種のように見えるが、在来種。
茎の節が黒くなるため「節黒」と名付けられた。
ツルフジバカマ（10池すべて）
花期：8～10月
マメ科の花。フジバカマと名前が似ているが近縁種ではない。ヒメシロチョウという珍しいチョウの幼虫がこの植物を食べる。
タムラソウ（舌喰池・山田池）
花期：8～10月
アザミのような花を咲かせるが、葉にとげはない。
カワラナデシコ（小島大池・塩吹池）
花期：7～10月
秋の七草の1つ。花びらが細かく裂けたピンク色の花を咲かせる。
「カワラ」とあるが、河原以外にも分布する。
フデリンドウ（塩吹池）
花期：4～5月
春先に小さな淡い青色の花を咲かせる。足元に咲くため見落としやすい。
